Adverse treatment outcomes in multidrug resistant tuberculosis go beyond the microbe-drug interaction: Results of a multiple correspondence analysis / Los resultados adversos en el tratamiento de la tuberculosis resistente a múltiples fármacos sobrepasan la relación fármaco-microorganismo: resultados de un análisis de correspondencia múltiple

Abstract . Introduction: Multidrug-resistant tuberculosis treatment is effective in 50% of patients due to several factors including antibiotic susceptibility of the microorganism, adverse treatment reactions, social factors, and associated comorbidities. Objectives: In this study, we describe the demographics, clinical characteristics, and factors associated with treatment outcomes in multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) patients in Medellín, Colombia. Materials and methods: We conducted a retrospective analysis using data from patients diagnosed with MDR-TB attending Hospital La María in Medellín, Colombia, for treatment between 2010 and 2015. Patients were categorized as having successful (cured) or poor (failure, lost to follow-up, and death) treatment outcomes. Associations between demographic, clinical factors, laboratory results, treatment outcomes, and follow-up information were evaluated by univariate, multivariate, and multiple correspondence analyses. Results: Of the 128 patients with MDR-TB, 77 (60%) had successful outcomes. Of those with poor outcomes, 26 were lost to follow-up, 15 died, and 10 were treatment failures. Irregular treatment, the presence of comorbidities, and positive cultures after more than two months of treatment were associated with poor outcomes compared to successful ones (p<0.05 for all). The multiple correspondence analyses grouped patients who were lost to follow-up, had HIV, and drug addiction, as well as patients with treatment failure, irregular treatment, and chronic obstructive pulmonary disease. Conclusion: The recognition of factors affecting treatment is essential and was associated with treatment outcomes in this series of patients. Early identification of these factors should increase the rates of treatment success and contribute to MDR-TB control.

Resumen . Introducción. El tratamiento de la tuberculosis multirresistente tiene una efectividad del 50 %, afectado por múltiples factores como la sensibilidad del microorganismo, las reacciones secundarias, los factores sociales y las comorbilidades existentes. Objetivos. Describir la demografía, las características clínicas y los factores pronósticos asociados con los resultados del tratamiento en pacientes multirresistentes (TB-MDR) de Medellín, Colombia. Métodos. Se hizo un análisis retrospectivo de los datos de los pacientes con TB-MDR atendidos en el Hospital La María de Medellín, Colombia, que fueron tratados entre el 2010 y el 2015. Los pacientes se categorizaron con tratamiento exitoso (curados) o con tratamiento fallido (falla en el tratamiento, pérdida durante el seguimiento y muerte). Se determinó la asociación entre las características demográficas y clínicas, los resultados de los exámenes de laboratorio, los desenlaces del tratamiento y la información del seguimiento, utilizando análisis univariado, multivariado y de correspondencia múltiple. Resultados. De 128 pacientes con TB-MDR, 77 (60 %) tuvieron un tratamiento exitoso. De los que tuvieron un tratamiento fallido, 26 pacientes se perdieron en el seguimiento, 15 murieron y 10 tuvieron falla en el tratamiento. El tratamiento irregular, las comorbilidades y los cultivos positivos más allá de 2 meses de tratamiento se asociaron significativamente con los tratamientos fallidos (p<0,05). El análisis de correspondencia múltiple agrupó los pacientes con pérdida en el seguimiento, con HIV y tratamientos irregulares, y los pacientes con tratamientos irregulares y enfermedad pulmonar obstructiva crónica con falla en el tratamiento y muerte. Conclusión. El reconocimiento temprano de los factores que afectan el desenlace del tratamiento de los pacientes con TB-MDR es esencial; la identificación de dichos factores debería incrementar el éxito del tratamiento y contribuir al adecuado control de la TB-MDR.

Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species / Análisis de concordancia de diferentes metodologías para la identificación de aislamientos orales de especies de Candida

Abstract Background: The yeasts species determination is fundamental not only for an accurate diagnosis but also for establishing a suitable patient treatment. We performed a concordance study of five methodologies for the species identification of oral isolates of Candida in Colombia. Methods: Sixty-seven Candida isolates were tested by; API® 20C-AUX, Vitek®2 Compact, Vitek®MS, Microflex® and a molecular test (panfungal PCR and sequencing). The commercial cost and processing time of the samples was done by graphical analysis. Results: Panfungal PCR differentiated 12 species of Candida, Vitek®MS and Microflex® methods identified 9 species, and API® 20C-AUX and Vitek®2 Compact methods identified 8 species each. Weighted Kappa (wK) showed a high agreement between Panfungal PCR, Vitek®MS, Microflex® and API® 20C-AUX (wK 0.62-0.93). The wK that involved the Vitek®2 Compact method presented moderate or good concordances compared with the other methods (wK 0.56-0.73). Methodologies based on MALDI TOF MS required 4 minutes to generate results and the Microflex® method had the lowest selling price. Conclusion: The methods evaluated showed high concordance in their results, being higher for the molecular methods and the methodologies based on MALDI TOF. The latter are faster and cheaper, presenting as promising alternatives for the routine identification of yeast species of the genus Candida.

Resumen Introducción: La clasificación a nivel de especies de las levaduras del género Candida de origen clínico es fundamental para el diagnóstico y la instauración de un adecuado tratamiento para el paciente. Se realizó un estudio de concordancia de cinco metodologías usadas para la identificación de aislamientos orales de Candida spp en Colombia. Métodos: Sesenta y siete aislamientos de Candida spp fueron identificados a nivel de especie utilizando; API® 20 C AUX‚ Vitek® 2 Compact, MALDI TOF (Vitek® MS y Microflex®) y una prueba molecular, PCR Panfungal y secuenciación. Un análisis del costo comercial y tiempo de procesamiento de las muestras por cada método fue realizado mediante el análisis gráfico de ambas variables. Resultados: La PCR Panfungal y secuenciación diferenció 12 especies de Candida‚ los métodos Vitek® MS y Microflex® identificaron 9 especies y los métodos API® 20 C AUX y Vitek® 2 Compact identificaron 8 especies. El análisis de Kappa ponderado (wK) demostró una concordancia alta entre los métodos PCR Panfungal y secuenciación‚ Vitek® MS‚ Microflex® y API® 20 C AUX‚ concordancias agrupadas en las categorías buena y muy buena (wK 0.62 - 0.93); los Kp que involucraron el método Vitek® 2 Compact presentaron concordancias moderadas o buenas frente a los otros métodos (wK 0.56 - 0.73). Las metodologías basadas en MALDI TOF MS requirieron 4 minutos para generar un resultado y el método Microflex® fue el método que en nuestro medio presentó el menor precio de venta del servicio. Conclusión: Los métodos evaluados presentaron una alta concordancia en sus resultados‚ siendo más alta para los métodos moleculares y las metodologías basadas en MALDI TOF MS; estas últimas son metodologías más rápidas, económicas y precisas, las cuales se presentan como alternativas prometedoras para la identificación rutinaria de especies de levaduras del género Candida.

Epidemiología de la tinea capitis: 19 años de experiencia en un laboratorio clínico especializado en Colombia / Epidemiology of tinea capitis: A 19 years' experience in a Colombian, specialized clinical laboratory

Introducción: En la literatura colombiana son escasos los reportes acerca de la epidemiología de la tinea capitis. Objetivo : Realizar un estudio retrospectivo para describir el comportamiento de esta micosis y de sus agentes etiológicos, en una serie de pacientes remitidos a un centro de diagnóstico especializado en Medellín, Colombia. Métodos : Estudio retrospectivo donde se analizaron los registros de pacientes remitidos entre los años 1994 y 2013 para estudio micológico a la Unidad de Micología Médica y Experimental de la Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), en Medellín, Colombia. Resultados : Fueron analizados 415 pacientes con sospecha clínica de tinea capitis, 133 (32%) de los cuales fueron confirmados por el laboratorio. La mayoría de los pacientes positivos, 124/133 (93%), fueron menores de edad y 89/133 (67%) correspondieron al sexo masculino. En 52 de los 133 casos comprobados se pudo determinar algún factor de riesgo asociado: el contacto con animales fue el principal factor de riesgo en 39/52 pacientes (75%). El examen directo fue positivo en el 87% y el cultivo para hongos en el 92% de los casos comprobados. El agente etiológico más frecuentemente aislado fue Microsporum canis (86%), seguido con una amplia diferencia por Microsporum gypseum(4%), Trichophyton tonsurans (3%), Trichophyton mentagrophytes (3%), Microsporum audouinii (3%) y Microsporum spp. (1%). Conclusión : Nuestros resultados representan una casuística importante para la epidemiología de la tinea capitis en Colombia. En ausencia de estudios más extensos en cobertura geográfica y en población estudiada que permitan conocer la incidencia real de esta micosis en nuestro medio, estos datos deben ser considerados como aporte valioso en el conocimiento de los agentes etiológicos de tinea capitis más frecuentes en el país.

Introduction: There are few written reports on the epidemiology of tinea capitis in Colombia. Objective: To undertake a retrospective study (1994-2013) aimed at describing the behavior of this mycosis and its etiological agents, using a series of patients referred to a specialized diagnostic center in Medellin, Colombia. Methods: This is a retrospective study in which the records were analysed of patients from 1994-2013, who were referred for mycological studies (direct examination and culture) to the Medical and Experimental Mycology Unit of the Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB) with the clinical suspicion of tinea capitis. Results: In this period, 415 patients with clinical suspicion of tinea capitis were reported, of which 133 cases were confirmed by the laboratory (32%); most patients 124 (93%) were children, mostly boys 89 (67%). In terms of associated risk factors there was information from 52 confirmed cases, of which 39 (75%) had contact with animals. Direct examination was positive in 87% and fungal culture in 92% of confirmed cases; the etiologic agent most isolated was Microsporum canis (86%), followed by Microsporum gypseum (4%), Trichophyton tonsurans (3%), Trichophyton mentagrophytes (3%), Microsporum audouinii (3%) and Microsporum spp. (1%). Conclusion: Our results represent an important casuistry for the epidemiology of tinea capitis in Colombia. In the absence of more extensive studies on geographic coverage and population characteristics that reveal the true incidence of this mycosis in our country, these data should be considered a valuable contribution to the understanding of the most frequent etiologic agents of tinea capitis in Colombia.

Evaluation of Simple and Cost-Effective DNA Preparation and Subsequent PCR Amplification for Clinically Relevant Mycobacteria.

Aim: Slow growth rate in culture renders the traditional isolation, identification, and drug susceptibility testing of clinically important mycobacteria inadequate when there is an urgent need for a precise diagnosis in order to initiate patient treatment. Molecular methods all rely on mycobacterial DNA isolation which in turn has become an essential step of the process. Our study aimed to evaluate DNA isolation protocols from mycobacteria of clinical interest. Methods: Therefore, in order to determine an optimal method we evaluated 8 inexpensive, rapid and easy DNA isolation methods from 30 mycobacterial cultures (10 Mycobacterium tuberculosis and 20 Non-tuberculous Mycobacteria) for subsequent direct detection by PCR. Results: Six of those 8 methods reliably allow the isolation of good DNA yields and quality, the optimal protocol being the one that includes a 1% Triton X-100 lysis solution. Protocols using SDS 1% as a lysis solution did not yield DNA suitable for PCR amplification. Conclusion: Six of the methods we evaluated can easily be implemented in resource limited settings for routine use, potentially contributing to a better management of mycobacterial infections.